結構之間的大孔隙，使得土壤透水性良好，能夠接納大量的雨水，降低了地表運流，減少了對土壤的沖刷。向下層土壤滲透的水分，又不斷為團粒內部的毛管孔隙所吸收，從而增加了土壤的蓄水量。團粒結構中，在各小團粒的接觸處，毛管才是相通的，水分通過毛管蒸發所經過的路程變長，從而減少了蒸發強度。一旦表土變干，土體收縮，就會形成一個干土層，使上下之間的毛管連系中斷，下層的水分只能依靠水汽分子的擴散作用向外蒸發。因此，有團粒結構的土壤具有很強的蓄水保摘能力。